作為全日無休的通關點，新皇崗口岸在港方區域內規劃了完善的公共運輸交匯處。此舉旨在協助旅客透過多種交通工具，順暢且便捷地穿梭於香港與深圳之間。
負責新界事務的運輸署助理署長謝善怡指出，政府部門已聯同各公共交通營運商完成部署，將提供涵蓋港島、九龍及新界各大區域的多元出行方案，務求為跨境旅客打造嶄新、高效且便利的交通體驗。
目前，有三間巴士公司共同經營七條專營巴士路線，這些路線均停靠港方口岸區的公共運輸交匯處。在這七條路線中，六條服務日間時段，其餘一條則專門提供通宵接駁。
就日間服務而言，九巴負責B10線（連接口岸與葵芳葵翠邨）及B11線（途經港鐵元朗站，往返天水圍天富）。大嶼山巴士則營運B12線，該線路經過科學園和大埔，終點站設於烏溪沙。城巴旗下擁有三條相關路線：B13線通往港島小西灣，B14線連接九龍啟德，而B15線則服務屯門青山灣一帶。
特別值得注意的是，B10、B13及B14線皆會停靠大欖隧道轉車站；至於B15線，其行駛範圍覆蓋港鐵屯門站。
針對夜間出行需求，九巴提供的NB73線為通宵服務，主要往來口岸與沙田地區。
專線小巴網絡同樣豐富，共開辦六條路線，其中三條為日間班次，另外三條為通宵班次。日間小巴包括往返屯門站的44B線、前往屯門碼頭的44B1線，以及駛向八鄉路的78線。通宵小巴則涵蓋N44B線（往屯門）、79S線（往天水圍）及616S線（往旺角）。
此外，短途跨境巴士亦設有五條特定路線，分別直達旺角、佐敦柯士甸道、藍田、灣仔會展站及荃灣。同時，市場上亦有其他長途跨境巴士選擇可供考慮。
謝善怡最後補充，無論市民還是旅客，均可選用車隊出租車、市區的士或新界的士直接抵達口岸，從而享有更具彈性與便捷的個人化交通安排。