經過重新規劃的皇崗口岸，現已全面導入創新的「合作查驗、一次放行」機制。旅客只需通過自助通道，經歷單次排隊及出示證件程序，便能同步辦妥香港與深圳兩地的出入境手續。對於符合資格的用戶，更可啟用「刷臉通關」功能，無需掏出證件即可暢行無阻，大幅提升通行效率。
若想體驗這種極速通關服務，關鍵在於預先完成登記。合資格的香港居民以及來港訪客，務必先行註冊方可使用相關自助設施。
註冊流程設計得相當簡便。具備資格的香港市民可透過智能手機下載入境事務處提供的「香港e-道」應用程式，並利用「智方便」進行身份核實，隨後按照螢幕指引操作，即可迅速完成申請步驟。
除線上登記外，皇崗口岸現場亦配置了e-道登記櫃位及多功能自助終端機，供香港居民即時辦理業務；同時，來自內地的旅客亦可前往該處的專設登記點進行註冊。
另外值得一提的是，無論是香港的合格居民還是內地訪客，均能在合作查驗的自助通道上，一次性完成系統登記以及雙邊的出入境審批手續。
年滿14週歲且符合條件的人士，在開通合作查驗自助通道權限的同時，還可順帶申請「刷臉通關」服務。此舉允許用戶以免驗證件的模式直接通過自動閘門，進一步優化出行體驗。
儘管支持人臉識別技術，乘客仍需隨身攜帶符合深港兩地法規的有效旅行證件。此外，在使用合作查驗自助通道之前，必須確保已在內地快捷通道系統中完成備案。若不想使用自動化設備，旅客依然可以選擇傳統的人工檢查櫃檯辦理通關手續。
針對駕車出行的群體，駕駛員及其車輛必須分別取得廣東省與香港特區口岸的合法通行許可。在新的清關架構下，出境車輛首先需駛經海關前置區域接受風險篩查，之後才能進入聯合一站式專用車道。
這些車道配備了新型的三段式攔杆裝置，並整合了先進的信息採集一體機。司機僅需在一個環節提供單一證件，系統便可同步收集體溫數據、證件資訊、面部特徵及指紋生物信息，實現高效的一站式多部門聯動查驗。