隨著皇崗口岸即將重新開放，其原址重建的聯檢大樓以全新面貌亮相。這座樓宇總共分為九層，內部裝潢主調選用溫暖色系，並透過挑高的天花板設計，營造出更為寬敞通透的空間感。
天花板的造型構思取自深圳市花簕杜，結合大面積的玻璃窗戶引入自然採光，不僅有助於節能減排，更讓整體環境散發出溫馨舒適的氛圍。
位於四樓的區域裝設了全落地式玻璃帷幕，旅客在此處望向窗外，即可將深圳與香港兩地的城市景觀盡收眼底。
該建築採取分層功能規劃，其中四樓設置為入境大堂，五樓則為離境大堂。通關設施方面，大樓內配備了134條自動化自助通道以及68個傳統人工服務櫃檯，方便旅客根據自身需求靈活選擇過關方式。
除了核心通關功能外，大樓內部亦增設多項便民配套措施，包括育嬰室及飲水機等設施，以提升旅客體驗。
此外，港方轄下的口岸區還提供免費的政府Wi-Fi服務，用戶無需進行任何登記程序，連線後即可立即使用網路資源。